GitHub Markdownで数式の左端が揃わない現象の回避策について、以下に纏めました。
現象
以下のように場合分けをすると、数式の左端が揃わない現象が発生します。

ソースは以下の通り。casesやarray環境でも発生し、インデントや不要な空白を消しても発生します。
\begin{equation} \left\{ \begin{aligned} F_{0} &= 0 \\ F_{1} &= 1 \\ F_{n} &= F_{n-1} + F_{n-2} \quad (n \geq 2) \end{aligned} \right. \end{equation}
生成されたHTMLを確認すると、不要な空白が挿入されていることが分かります。
<mtr> <mtd style="text-align: left;"> <msub> <mi>F</mi> <mrow data-mjx-texclass="ORD">...</mrow> </msub> </mtd> <mtd style="text-align: left;">...</mtd> </mtr> <mtr> <mtd style="text-align: left;"> <mtext> </mtext> <!-- 不要な空白が挿入されている --> <msub> <mi>F</mi> <mrow data-mjx-texclass="ORD">...</mrow> </msub> </mtd> <mtd style="text-align: left;">...</mtd> </mtr> <mtr> <mtd style="text-align: left;"> <mtext> </mtext> <!-- 不要な空白が挿入されている --> <msub> <mi>F</mi> <mrow data-mjx-texclass="ORD">...</mrow> </msub> </mtd> <mtd style="text-align: left;">...</mtd> </mtr>
回避策
\\ の直後で改行すると発生するようなので、(1) 空白を追加する、(2) 改行の位置を調整する、(3) 改行しない 等で回避できます。
(1) 空白を追加する
F_{0} &= 0 \\␣ F_{1} &= 1 \\␣ F_{n} &= F_{n-1} + F_{n-2} \quad (n \geq 2)
(2) 改行の位置を調整する
F_{0} &= 0 \\ F_{1} &= 1 \\ F_{n} &= F_{n-1} + F_{n-2} \quad (n \geq 2)
(3) 改行しない
F_{0} &= 0 \\ F_{1} &= 1 \\ F_{n} &= F_{n-1} + F_{n-2} \quad (n \geq 2)
一方で、Markdown + MathJax 環境だとそれぞれの記法が衝突するため、そもそも \\ を使わない方が良いという意見もあります。
(4) \\ の代わりに \newline を使用する
F_{0} &= 0 \newline F_{1} &= 1 \newline F_{n} &= F_{n-1} + F_{n-2} \quad (n \geq 2)
(5) \\ の代わりに \ を使用する
F_{0} &= 0 \ F_{1} &= 1 \ F_{n} &= F_{n-1} + F_{n-2} \quad (n \geq 2)